Kantor Kementerian Agama Kabupaten Bondowoso didirikan seiring dengan pembentukan Kementerian Agama Republik Indonesia  pada 3 Januari 1946. sebagai bagian dari sistem pemerintahan daerah, pembentukan Kantor Kementerian Agama di Bondowoso bertujuan untuk mengelola urusan agama dan pelayanan masyarakat dalam bidang keagamaan secara efektif dan efisien.

Pada awal berdirinya, kantor ini berfungsi sebagai perpanjangan tangan pemerintah pusat dalam melaksanakan kebijakan-kebijakan terkait agama, seperti pengelolaan pendidikan keagamaan, penyelenggaraan pernikahan, pengelolaan ibadah haji, dan pengawasan lembaga keagamaan. pada masa awal, kantor ini hanya memiliki sejumlah staf dengan fasilitas yang sangat terbatas, yang beroperasi dari sebuah bangunan sederhana di pusat Kota Bondowoso.

Seiring waktu, kantor ini mengalamai perkembangan, baik dalam hal kelembagaan maupun fasilitas. pada era 1960-an, mulai dibangun jaringan madrasah dan lembaga pendidikan Islam di bawah naungan Kementerian Agama. selain itu, layanan publik sperti pencatatan pernikahan melalu Kantor Urusan Agama (KUA) di tingkat kecamatan mulai di perkuat.

Reformasi birokrasi pada tahun 2000-an memberikan dampak signifikan terhadap Kantor Kementerian Agama Kabupaten Bondowoso. Penerapan sistem pelayanan berbasi tekhnologi, seperti Pelayanan Terpadu Satu Pintu (PTSP), menjadi salah satu tonggak modernisasi pelayanan. Dengan fasilitas yang lebih baik dan sumber daya manusia yang Kompeten, kantor ini terus berusaha memberikan pelayanan terbaik kepada masyarakat Bondowoso.

Hingga saat ini, Kantor Kementerian Agama Kabupaten Bondowoso tetap berkomitmen untuk menjalankan tugas-tugasnya sebagai penjaga harmoni ummat beragama dan pelayan masyarakat dalam urusan keagamaan, sejalan dengan Visi "Kementerian Agama yang Profesional dan Melayani". Kantor Kementerian Agama Kabupaten Bondowoso memiliki 3 Madrasah Ibtidaiiyah Negeri, 4 Madrasah Tsanawiyah Negeri, 1 Madrasah Aliyah Negeri dan 23 KUA.